Plus de 20 ans après que les scientifiques ont publié pour la première fois une ébauche de séquence du génome humain, le livre de la vie a fait l’objet d’une réécriture attendue depuis longtemps.
Une édition plus précise et inclusive de notre code génétique a été publiée mercredi, marquant une étape majeure vers une compréhension plus approfondie de la biologie humaine et de la médecine personnalisée pour les personnes d’origines raciales et ethniques très diverses.
Contrairement à la référence précédente – qui était en grande partie basée sur l’ADN d’un homme métis de Buffalo, avec des contributions de quelques dizaines d’autres individus, principalement d’origine européenne – le nouveau “pangenome” incorpore des séquences génétiques presque complètes de 47 hommes et des femmes d’origines diverses, notamment des Afro-Américaines, des insulaires des Caraïbes, des Asiatiques de l’Est, des Africains de l’Ouest et des Sud-Américaines.
La carte du génome remaniée représente un outil crucial pour les scientifiques et les cliniciens qui espèrent identifier les variations génétiques associées à la maladie. Il promet également de fournir des traitements qui peuvent bénéficier à toutes les personnes, indépendamment de leur race, de leur origine ethnique ou de leur ascendance, ont déclaré les chercheurs.
“Cela faisait longtemps qu’on en avait besoin – et ils ont fait du très bon travail”, a déclaré Ewan Birney, généticien et directeur général adjoint du Laboratoire européen de biologie moléculaire, qui n’a pas participé à l’effort. “Cela améliorera notre compréhension fine de la variation, puis cette recherche ouvrira de nouvelles opportunités vers des applications cliniques.”
Alimenté par la dernière technologie de séquençage d’ADN, le pangénome rassemble les 47 génomes uniques en une seule ressource, fournissant l’image la plus détaillée à ce jour du code qui alimente nos cellules. Les lacunes de la référence précédente sont maintenant comblées, avec près de 120 millions de lettres ADN précédemment manquantes ajoutées au code de trois milliards de lettres.
L’idée d’un brin totémique d’ADN qui s’étend sur six pieds lorsqu’il est déroulé et étiré en ligne droite est révolue. Maintenant, la référence redémarrée ressemble à un labyrinthe de maïs, avec des chemins alternatifs et des sentiers secondaires qui permettent aux scientifiques d’explorer une gamme plus large de la diversité génétique trouvée chez les personnes du monde entier.
Le Dr Eric Green, directeur de l’Institut national de recherche sur le génome humain, l’agence gouvernementale qui a financé les travaux, compare le pangénome à un nouveau type de manuel de carrosserie pour les ateliers de réparation automobile. Alors qu’auparavant, chaque mécanicien n’avait que les spécifications de conception pour un type de voiture, il existe désormais un plan directeur qui couvre différentes marques et modèles.
“Nous sommes passés d’un très beau plan de la Chevrolet à maintenant des plans de 47 voitures représentatives de chacun des 47 constructeurs différents”, a-t-il déclaré.
Savoir quoi faire avec ce Kelley Blue Book of genomics impliquera une courbe d’apprentissage abrupte. De nouveaux outils analytiques sont nécessaires. Les systèmes de coordonnées doivent être redéfinis. L’adoption généralisée prendra du temps.
“Rendre cela facile à utiliser par la communauté est un travail à faire”, a déclaré Heidi Rehm, responsable de la génomique au Massachusetts General Hospital de Boston, qui n’était pas impliquée dans le projet.
Mais en temps voulu, selon les experts, le pangénome révolutionnera le domaine de la médecine génomique.
“Nous allons avoir l’avantage de nous comprendre beaucoup, beaucoup mieux en tant qu’espèce”, a déclaré Evan Eichler, chercheur en génome à l’Université de Washington. Le Dr Eichler faisait partie des plus de 100 scientifiques et bioéthiciens qui ont décrit la nouvelle référence du pangénome dans la revue Nature.
Les architectes du projet continuent d’ajouter d’autres groupes de population, dans le but d’inclure au moins 350 génomes de haute qualité qui englobent l’essentiel de la diversité humaine mondiale.
“Nous voulons représenter toutes les branches de l’arbre humain”, a déclaré Ira Hall, un généticien qui dirige le Yale Center for Genomic Health.
Certains des nouveaux génomes proviendront de New-Yorkais qui ont déjà participé à un programme de recherche du Mount Sinai Health System. Si leurs données ADN préliminaires semblent refléter certaines origines génétiques sous-représentées, ces personnes seront invitées à participer au projet de pangénome.
Cependant, certaines lacunes pourraient ne jamais être comblées dans la référence accessible au public, par conception.
Les tentatives précédentes pour capturer la diversité génétique humaine extrayaient souvent des données de séquence de populations marginalisées sans tenir compte de leurs besoins et de leurs préférences. Informés par ces faux pas éthiques, les coordonnateurs du pangénome collaborent maintenant avec des groupes autochtones pour élaborer des politiques officielles concernant la propriété des données.
“Nous sommes toujours aux prises avec la question de la souveraineté indigène et tribale”, a déclaré Barbara Koenig, bioéthicienne à l’Université de Californie à San Francisco, qui a participé au projet.
En Australie, des chercheurs incorporent des séquences d’ADN de divers peuples autochtones dans un dépôt similaire qui sera combiné avec le pangénome open source, mais ensuite conservé derrière un pare-feu. Selon Hardip Patel du Centre national australien de génomique indigène à Canberra, les scientifiques prévoient ensuite de consulter les dirigeants communautaires pour savoir si ou comment rendre les données accessibles sur demande.
Certains défenseurs autochtones veulent voir le projet de pangénome aller plus loin. Keolu Fox, scientifique en génomique à l’Université de Californie à San Diego, originaire d’Hawaï, a suggéré de former la prochaine génération de scientifiques autochtones pour qu’ils aient une plus grande capacité d’action sur les données génomiques.
“Il est enfin temps de décentraliser le pouvoir et le contrôle et de le redistribuer entre les communautés elles-mêmes”, a déclaré le Dr Fox.
Be First to Comment